Setahun kemudian, Dinas Kehutanan digabungkan dengan Dinas Perkebunan menjadi Dinas Kehutanan dan Perkebunan.

Jabatan Kepala Dinas tetap dipegang oleh Mangindar pasca penggabungan kedua dinas tersebut.

Jadi Bupati Samosir

Beberapa tahun setelah Kabupaten Toba Samosir dibentuk, kabupaten tersebut dimekarkan dan melahirkan kabupaten baru bernama Kabupaten Samosir.

Kabupaten tersebut diresmikan pada tanggal 7 Januari 2004 dan penjabat bupati Wilmar Eliaser Simandjorang dilantik sebagai penjabat bupati delapan hari kemudian.

Pemilihan bupati untuk menentukan pengganti definitif Wilmar diadakan pada tanggal 28 Juni 2005, bersamaan dengan beberapa kabupaten lainnya di Sumatera Utara.

Mangindar turut serta dalam pemilihan bupati sebagai calon bupati.

Ia berpasangan dengan pengusaha Ober Sihol Parulian Sagala, dan memperoleh dukungan dari Partai Demokrasi Kebangsaan dan Partai Perhimpunan Indonesia Baru.

Dalam pemilihan bupati tersebut, Mangindar berhasil mengalahkan pasangan lainnya dengan perolehan suara sebesar 15.189 suara dari total 75.709 suara.

Kendati demikian, lawan-lawan Mangindar menolak untuk mengakui hasil pemilihan yang dianggap cacat hukum dan menuduh Mangindar melakukan ikecurangan-kecurangan.

Sekelompok massa oposisi kemudian menduduki gedung KPU Samosir dan meminta KPU untuk menganulir hasil pemilihan dan mengadakan pemilihan bupati ulang.

KPU Samosir menolak tuntutan massa dan menetapkan Mangindar Simbolon sebagai pemenang pemilihan bupati. Mangindar dan Ober kemudian dilantik sebagai bupati pada tanggal 13 September 2005.

Setelah satu periode menjabat sebagai bupati dan wakil bupati, baik Mangindar maupun Ober memutuskan untuk berlaga dalam pemilihan bupati selanjutnya.

Mangindar mencalonkan diri untuk periode kedua, sedangkan Ober memutuskan untuk berpisah dengan Mangindar dan mencalonkan dirinya serbagai bupati.

Mangindar kemudian memilih pebisnis Mangadap Sinaga sebagai calon wakil bupatinya.

Mangindar berhasil memenangkan pemilihan bupati yang digelar pada tanggal 9 Juni 2010 tersebut dengan 23.516 suara.